سارین سل آزما

دوره آموزشی: مبانی و کاربرد شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در علوم زیستی و پزشکی (دوره مقدماتی)

معرفی دوره:

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (MD) به عنوان یک ابزار نوآورانه، نقش اساسی در درک رفتار مولکول‌ها و تعاملات آن‌ها در سطح اتمی ایفا می‌کند. این تکنیک به پژوهشگران این امکان را می‌دهد تا فرآیندهای بیولوژیکی پیچیده، از جمله ساختار، تحرک و تغییرات پروتئین‌ها و نوکلئوتیدها را شبیه‌سازی و تحلیل کنند. با پیشرفت‌های تکنولوژیکی و افزایش قدرت محاسباتی، این روش‌ها به یکی از ارکان مهم در تحقیقات علمی و توسعه دارو تبدیل شده‌اند. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی به ما کمک می‌کند تا از طریق مدل‌سازی مولکولی، شرایط آزمایشگاهی مختلف را شبیه‌سازی کنیم و پیش‌بینی‌های دقیقی در مورد رفتار مولکول‌ها ارائه دهیم. در این دوره، ما به بررسی مبانی نظری MD خواهیم پرداخت و تلاش خواهیم کرد تا دانش‌پژوهان را با کاربردهای این تکنیک در علوم زیستی و پزشکی آشنا کنیم. هدف ما ارتقاء دانش و توانایی شرکت‌کنندگان برای استفاده مؤثر از شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی در پروژه‌های تحقیقاتی خود است.

سرفصل های دوره:

1. مبانی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

  • تعریف و تاریخچه شبیه‌سازی MD
  • آشنایی با مبانی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (قوانین نیوتن، پتانسیل‌ها و نیروها)   

2. برنامه‌ها و نرم‌افزارهای شبیه‌سازی

معرفی نرم‌افزارهای متداول مانند GROMACS، VMD،AMBER  و CHARMM

3. روش‌های شبیه‌سازی

  • تنظیمات اولیه، تولید و انجام شبیه‌سازی‌ها 
  • موارد مهم در انتخاب پارامترها و شرایط شبیه‌سازی

4. تحلیل نتایج شبیه‌سازی

  • روش‌های تحلیلی و نرم‌افزارهای مرتبط 
  • تفسیر گراف‌ها و داده‌های حاصل از شبیه‌سازی

5. کاربرد در علوم زیستی و پزشکی

  • مثال‌های واقعی از کاربردهای شبیه‌سازی در توسعه داروها و مطالعه بیماری‌ها 
  • شبیه‌سازی‌های مولکولی در مصارف بالینی

اهداف دوره:

  • آشنایی با مفاهیم پایه‌ای و اصول شبیه‌سازی دینامیک مولکولی 
  • بررسی تکنیک‌ها و الگوریتم‌های اصلی MD
  • درک کاربردهای شبیه‌سازی در مطالعه پروتئین‌ها، داروها و سیستم‌های زیستی 
  • توانایی تحلیل نتایج شبیه‌سازی و کاربرد آن‌ها در تحقیقات علمی
  • کشف علاقه و استعداد شرکت کنندگان (دانشجویان).
  • هدایت دانشجویان به مسیر کاربردی و مورد علاقه آنها و تعریف کردن طرح یا پروژه برای آنها.

این دوره برای چه کسانی مفید است؟

دانشجویان و فارغ التحصیلان رشته های پزشکی و پیراپزشکی:

این دوره به دانشجویان پزشکی و پیراپزشکی کمک می‌کند تا با ابزارهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی آشنا و نتایج تحقیقات خود را در زمینه‌های بالینی و تقویت‌کننده کاربردی انجام دهند.

دانشجویان و فارغ التحصیلان علوم پایه زیستی و رشته های مرتبط:

این رشته‌ها می‌توانند با شبیه‌سازی‌سازی‌های MD، درک بهتری از ساختار و مولکول‌ها پیدا کنند و خود را در تحلیل‌های داده‌های بیولوژیکی افزایش دهند.

متخصصان و پژوهشگران:

متخصصان و پژوهشگران می‌توانند از این دوره برای ارتقاء مهارت‌های تحلیلی خود بهره‌برداری کنند و دانش خود را در زمینه‌های توسعه‌دهنده علمی جدید، به ویژه در حوزه‌های تحقیقاتی نوین انجام دهند.

کارآفرینان و مدیران:

این دوره به کارآفرینان و مدیران امکان می‌دهد با تکنیک‌های شبیه‌سازی MD آشنا شوند و تصمیم‌گیری بهتری در حوزه توسعه محصولات و فناوری‌های بیوتکنولوژیکی ایجاد کنند.

اساتید و مدرسین:

اساتید و مدرسین با مفاهیم و کاربردهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی می‌توانند دوره‌های آموزشی را طراحی کرده و به رشد علمی علمی و پژوهشی دانشجویان خود کمک کنند.

امکان سوال از مدرس وجود دارد؟

بله، در این دوره امکان سوال پرسیدن از مدرس وجود دارد.

برگزاری جلسات پرسش و پاسخ:

در طول کلاس یا بعد از آن، زمان‌هایی برای پرسش و پاسخ تعیین می‌شود.

ارتباط مستقیم:

دانشجویان می‌توانند از طریق ایمیل، پیام‌رسان‌ها یا پلتفرم‌های آموزشی با مدرس در ارتباط باشند و سوالات خود را مطرح کنند.

کارگاه‌های عملی:

در کارگاه‌های عملی، معمولاً مدرسان به صورت حضوری در دسترس هستند و امکان پرسش و پاسخ و مشاوره را فراهم می‌کنند.

شبکه‌های اجتماعی یا گروه‌های آنلاین:

برخی مدرسان گروه‌های آنلاین یا کانال‌های رسانه‌های اجتماعی برای بحث و تبادل نظر با دانشجویان شرکت کننده در دوره ایجاد می‌کنند.

چرا این دوره برای شما مفید است؟

  • تقویت رزومه پژوهشی آموزشی
  • ارائه گواهی معتبر 
  • افزایش دانش تخصصی در دینامیک مولکولی
  • تقویت مهارت‌های فنی در نرم‌افزارهای شبیه‌سازی
  • دستیابی به کاربردهای عملی در علوم زیستی و پزشکی
  • توسعه مهارت‌های تحلیل داده‌های علمی
  • آشنایی با روندهای نوین در تحقیقات علمی

مزایای این دوره

  • ارائه گواهی معتبر 
  • آشنایی با مفاهیم پایه‌ای دینامیک مولکولی
  • کسب مهارت در استفاده از نرم‌افزارهای شبیه‌سازی
  • تحلیل و تفسیر داده‌های شبیه‌سازی به‌صورت کاربردی
  • درک کاربردهای شبیه‌سازی در علوم زیستی و پزشکی
  • بالا بردن قابلیت همکاری در پروژه‌های بین‌رشته‌ای
  • ایجاد فرصت‌های networking با متخصصان و پژوهشگران
  • آمادگی برای استفاده در تحقیقات آینده و توسعه محصولات

مدرس دوره:

دکتر جلیل پرچکانی، دکترای زیست شناسی سلولی و مولکولی (بیوفیزیک) از دانشگاه تربیت مدرس.